与许多其他肽酶不同,胃蛋白酶只水解肽键,而不水解酰胺或酯键。其裂解特异性包括肽键两侧含有芳香酸的肽段,特别是当另一残基也是芳香或二羧酸时。如果肽键附近有含硫氨基酸,即含有芳香氨基酸,则易水解。胃蛋白酶也会优先在苯基丙氨酸和亮氨酸的羧基侧裂解,在谷氨酸残基的羧基侧裂解的程度较小。它不裂解缬氨酸,丙氨酸,或甘氨酸键。
[4]Z-L-酪氨酸、Z-L-谷氨酰胺-L-酪氨酸或Z-L-蛋氨酸-L-酪氨酸可作为胃蛋白酶消化的底物。
[4][5]胃蛋白酶被几种含有苯丙氨酸的肽所抑制。
[6]优先裂解:P1 和 P1′ 位的疏水性和芳族残基。降解胰岛素 β 链中的 Phe-Val、Gln-His、Glu-Ala、Ala-Leu、Leu-Tyr、Tyr-Leu、Gly-Phe、Phe-Phe 和 Phe-Tyr 键