木瓜蛋白酶用于解剖溶液。 它用于产生抗体的 Fab 片段。
[1]它被用于细胞分离,因为在某些组织中,经证明其比其它蛋白酶效率更高且破坏性更小。 木瓜蛋白酶可用于从出生后大鼠中分离形态完整的皮质神经元。 木瓜蛋白酶的部分消化作用可用于酶和其他蛋白质的结构研究。 此外,木瓜蛋白酶可用于红细胞血清学,它通过修饰红细胞表面来加强或破坏许多红细胞抗原的反应性。 木瓜蛋白酶在血小板血清学研究也有应用。 木瓜蛋白酶也可用于氨基酸、肽和其他分子的酶合成。 产品 P3375、木瓜蛋白酶粗粉,已被用于消化新鲜的狗鲨软骨,以分离硫酸软骨素。